Le informazioni sul progetto sono memorizzate in un file denominato nomeprogetto.prj. In questo progetto vengono memorizzati i file sorgente. Il file viene creato utilizzando il nome del progetto, i nomi dei file sorgente e altre informazioni fornite dall'utente durante la creazione del progetto.
Dopo avere creato un progetto, sarà possibile aggiungere e aggiornare le informazioni a esso relative. Sarà ad esempio possibile aggiungere informazioni sulla modalità di visualizzazione del progetto in una pagina HTML o impostare le opzioni da utilizzare per la creazione del progetto. Il file .prj non verrà modificato direttamente, ma aggiornato sulla base delle azioni eseguite nel gestore progetti.
I progetti di Java Development Environment sono raggruppati in portafogli, nello stesso modo in cui i file sono raggruppati in directory. Ciascun utente dispone in genere di un portafoglio personale in cui sono contenuti solo i propri progetti. Quando Java Development Environment viene eseguito per la prima volta, sarà disponibile il portafoglio personale denominato portafoglio corrente.
Il progetto visualizzato nell'editor del codice sorgente è definito progetto corrente. Il progetto corrente definisce il contesto per tutti gli strumenti di Java Development Environment. Se ad esempio si utilizzano gli strumenti per il debug, questi avranno effetto sul progetto corrente.
I portafogli sono memorizzati in un file denominato nomegruppo.psf. Nel file del portafoglio sono elencati i percorsi dei file .prj relativi al portafoglio.
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